قال الإمام الهادي عليه السلام:
إِنَّ أَبَا اَلْحَسَنِ كَتَبَ إِلَيْهِ يَا مُحَمَّدُ أَجْمِعْ أَمْرَكَ وَ خُذْ حِذْرَكَ قَالَ فَأَنَا فِي جَمْعِ أَمْرِي وَ لَيْسَ أَدْرِي مَا كَتَبَ إِلَيَّ حَتَّى وَرَدَ عَلَيَّ رَسُولٌ حَمَلَنِي مِنْ مِصْرَ مُقَيَّداً وَ ضَرَبَ عَلَى كُلِّ مَا أَمْلِكُ وَ كُنْتُ فِي اَلسِّجْنِ ثَمَانَ سِنِينَ ثُمَّ وَرَدَ عَلَيَّ مِنْهُ فِي اَلسِّجْنِ كِتَابٌ فِيهِ يَا مُحَمَّدُ لاَ تَنْزِلْ فِي نَاحِيَةِ اَلْجَانِبِ اَلْغَرْبِيِّ فَقَرَأْتُ اَلْكِتَابَ فَقُلْتُ يَكْتُبُ إِلَيَّ بِهَذَا وَ أَنَا فِي اَلسِّجْنِ إِنَّ هَذَا لَعَجَبٌ فَمَا مَكَثْتُ أَنْ خُلِّيَ عَنِّي وَ اَلْحَمْدُ لِلَّهِ قَالَ وَ كَتَبَ إِلَيْهِ مُحَمَّدُ بْنُ اَلْفَرَجِ يَسْأَلُهُ عَنْ ضِيَاعِهِ فَكَتَبَ إِلَيْهِ سَوْفَ تُرَدُّ عَلَيْكَ وَ مَا يَضُرُّكَ أَنْ لاَ تُرَدَّ عَلَيْكَ فَلَمَّا شَخَصَ مُحَمَّدُ بْنُ اَلْفَرَجِ إِلَى اَلْعَسْكَرِ كُتِبَ إِلَيْهِ بِرَدِّ ضِيَاعِهِ وَ مَاتَ قَبْلَ ذَلِكَ قَالَ وَ كَتَبَ أَحْمَدُ بْنُ اَلْخَضِيبِ إِلَى مُحَمَّدِ بْنِ اَلْفَرَجِ يَسْأَلُهُ اَلْخُرُوجَ إِلَى اَلْعَسْكَرِ فَكَتَبَ إِلَى أَبِي اَلْحَسَنِ ع يُشَاوِرُهُ فَكَتَبَ إِلَيْهِ اُخْرُجْ فَإِنَّ فِيهِ فَرَجَكَ إِنْ شَاءَ اَللَّهُ تَعَالَى فَخَرَجَ فَلَمْ يَلْبَثْ إِلاَّ يَسِيراً حَتَّى مَاتَ .
علی بن محمد نوفلی گوید: محمد بن فرج بمن گفت: حضرت ابو الحسن(امام هادی) علیه السلام بمن نوشت: ای محمد کارهایت را بسامان رسان و مواظب خود باش. من مشغول سامان دادن کارم بودم و نمیدانستم مقصود حضرت از آنچه بمن نوشته چیست که ناگاه مامور آمد و مرا از مصر دست بسته حرکت داد، و تمام داراییم را توقیف کرد و 8 سال در زندان بودم، سپس نامه یی از حضرت در زندان بمن رسید که: ای محمد در سمت بغداد منزل مکن. نامه را خواندم و گفتم: من در زندانم و او بمن چنین مینویسد؟ این موضوع شگفت آور است. چیزی نگذشت که-خدا را شکر-مرا رها کردند. و محمد بن فرج بآن حضرت نامه نوشت و در باره ملکش(که بناحق تصرف کرده بودند)سوال کرد حضرت باو نوشت: بزودی بتو بر میگردانند و اگر هم بتو باز نگردد، زیانی بتو نرسد، چون محمد بن فرج بسامره حرکت کرد، برایش نامه آمد که ملک بتو برگشت، ولی او پیش از گرفتن نامه درگذشت. و احمد بن خضیب بمحمد بن فرج نوشت و از او تقاضا کرد بسامره رود، محمد بعنوان مشورت مطلب را بامام هادی علیه السلام نوشت، حضرت باو نوشت: برو، زیرا گشایش و خلاصی تو در آنست ان شا الله تعالی. او برفت و پس از اندکی درگذشت.